Anglies skeleto izomerija yra struktūrinės izomerijos rūšis. Ji apibūdina reiškinius, kai medžiagos turi identišką atomų rinkinį ir skaičių (tą pačią molekulinę formulę), bet skiriasi anglies atomų tarpusavio jungčių tvarka, sudarančia molekulės pagrindą – skeletą. Tai reiškia, kad vienu atveju anglies atomai gali sudaryti tiesią liniją, o kitu – šakotą struktūrą.

• Apibrėžimas: Tai junginiai, kurių molekulinė formulė vienoda, tačiau anglies atomai pagrindinėje grandinėje (skelete) išsidėstę skirtingai.
• Pavyzdys: Pentanas (\(C_5H_{12}\)) turi kelis skeleto izomerus. \(n\)-pentanas turi tiesią penkių anglies atomų grandinę. Izopentanas (2-metilbutanas) turi keturių anglies atomų grandinę su metilo grupe prie antrojo anglies atomo. Neopentanas (2,2-dimetilpropanas) turi trijų anglies atomų grandinę su dviem metilo grupėmis prie vidurinio anglies atomo.
• Poveikis savybėms: Dėl skirtingos skeleto struktūros šie izomerai pasižymi nevienodomis fizikinėmis savybėmis, ypač viršomi taškais (pvz., \(n\)-pentanas verda aukštesnėje temperatūroje nei neopentanas).

Anglies atomų jungimosi tvarkos skirtumai lemia molekulės formą. Šakotesnės struktūros molekulės yra kompaktiškesnės, todėl jų sąveika su kaimyninėmis molekulėmis yra silpnesnė, o tai pasireiškia žemesnėmis virimo ir lydymosi temperatūromis, palyginti su tiesios grandinės atitikmenimis.